根据《建设工程质量保证金管理办法》的规定，建设工程质量保证金是指建设工程合同中发包人与承包人约定从应付工程款中预留以保证承包人在缺陷责任期内建设工程存在缺陷。
所谓缺陷责任期，是指工程通过竣工验收后，承包人承担修复工程质量问题的期限。缺陷责任期一般为6个月、12个月，最多不超过2年，由合同双方在合同中具体约定。
工程质量保证金的主要作用是保证工程在缺陷责任期内一旦出现质量问题，施工单位能够负责及时维修相应的质量缺陷，不使施工单位承担施工单位的缺陷维修责任。这对于保护施工方的合法权益，保证工程质量具有重要作用。因此，工程质量保证金制度也是我国工程担保制度的重要组成部分之一。
当然，以上内容主要是从维护建设单位合法权益，保证工程质量的角度出发。对于施工单位来说，作为工程质量保证金的支付方，一方面保证金数额并不便宜，长期占用会给企业造成很大的资金压力；另一方面，施工单位拖欠工程质量保证金的情况屡见不鲜，施工单位也很困扰。因此，工程质量保证金的支付、退还或争议解决具有重要的实用价值。
支付工程质量保证金
根据《建设工程质量保证金管理办法》中对工程质量保证金的定义，工程质量保证金的支付主要由建设单位从应付工程款中预留。具体参照施工合同(示范文本)，可分为:
【/s2/】一、进度款一个一个扣。在这种情况下，质量保证金的计算基数不包括预付款的支付和扣除金额；
二是工程结算时一次性扣留质量保证金。
这两种支付方式是不同的。实践中，如果合同中没有其他约定，原则上适用第一种方式，即逐笔扣留支付进度款，这也是施工方在实践中常用的扣留方式。但需要注意的是“逐笔扣缴进度款”的方法在施工方支付履约保证金时会与相应的管理规定相冲突。
2017年6月20日，住建部、财政部联合发布《建设工程质量保证金管理办法》，文件第六条规定:
工程竣工前已支付履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
也就是说，在竣工前的施工阶段，如果发包人已经收到承包人的履约保证金，就不能再收到承包人的工程质量保证金。
当然，这并不意味着承包商不需要缴纳工程质量保证金。《建设工程质量保证金管理办法》规定的时间只是在工程竣工前，此举只是为了避免施工企业同时缴纳履约保证金和工程质量保证金，对自身造成过大的资金压力，从而影响工程质量和施工安全。工程竣工后，进入缺陷责任期，工程质量保证金的担保缺失将损害建设方的合法权益。因此，客观上，还是需要承包方支付相应的工程质量保证金。在这种情况下，显然“工程结算时一次性扣留质量保证金”的方式更合规、更适用。此外，《建设工程质量保证金管理办法》第七条明确规定，发包人应当按照合同约定的方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
退还工程质量保证金
目前国内建筑市场普遍存在施工企业缺陷责任到期，但工程质量保证金难以收回的情况。因此，工程质量保证金退还的相关规定引起了各大施工企业的关注。
建设工程质量保证金管理办法
在缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，期满后，承包人向发包人申请退还保证金。
发包人收到承包人退还保证金的申请后，应在14天内按照合同约定与承包人核实。如无异议，发包人应按约定向承包人退还保证金。对返还期限没有约定或者约定不明确的，发包人应当在核实后14天内将保证金返还承包人。逾期不返还定金的，应当依法承担违约责任。发包人收到承包人退还保证金申请后14天内未答复，经催告后14天内未答复的，视为同意承包人退还保证金申请。
发包人和承包人对保证金预留和返还以及工程维修质量和费用有争议的，按照合同约定的争议和争议解决程序处理。
施工合同纠纷解读(二)
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(二)》关于退还工程质量保证金的具体规定；
当事人约定的工程质量保证金返还期限届满；
当事人未约定工程质量保证金返还期限的，为建设工程竣工验收合格之日起两年；
因发包人原因导致建设工程未在约定期限内竣工验收的，双方约定的工程质量保证金返还期限自承包人提交工程竣工验收报告后90日届满；当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自承包人提交工程竣工验收报告90日后起两年。
《办法》和《解释(二)》规定了工程质量保证金返还的程序和条件，但需要注意的是:1 .《办法》是部门规章，《解释(二)》是试行解释，两者都不是明确的法律条文；2.两个文件中，对于建设单位拖欠工程质量保证金的行为，都没有明确的行政处罚措施。因此，工程质量保证金的法律法规建设和监管仍亟待建设和完善。
另外，工程质量保证金只是工程担保制度下工程质量保证金的现金保证金担保形式，可以用保函代替。建设工程质量保证金管理办法也指出，采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他担保方式的，发包人不得预留任何保证金。比如工程质量保证保险就是工程质量保证金的保险保障形式。承包人投保后，由保险公司代其向发包人出具保险保函，既可以替代工程质量保证金的担保功能，又可以解决工程质量保证金金额高、退还难的问题。
我国目前对于建设工程质量保证金的缴纳、返还和处罚还没有比较正式明确的法律法规，主要参考依据是《建设工程质量保证金管理办法》和《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释(二)》。
